農曆九月十二日，至十二時半，公喚侍者一起進來，舉目遍視，有頃曰：
你等侍我有年，辛勞有感。從前的事不必說了。我近十年來，含辛茹苦，日在危疑震憾之中，受謗受屈，我都甘心，只想為國內保存佛祖道場，為寺院守祖德清規，為一般出家人保存此一領大衣。即此一領大衣，我是拼命爭回的，你各人今日皆為我入室弟子，是知道經過的。你們此後如有把茅蓋頭，或應住四方，須堅持保守此一領大衣，但如何能夠永久保守呢。只有一字，曰：戒。
說畢合掌道珍重。諸人含淚而退。（摘自《虛老和尚開示錄》）
老和尚圓寂前作詩一首：
少小離塵別故鄉， 天涯雲水路茫茫。
百年歲月垂垂老， 幾度滄桑得得忘。
但教群迷登彼岸， 敢辭微命入爐湯。
眾生無盡願無盡， 水月光中又一場！
虛雲和尚臨終所寫的話（歷史資料）
虛雲和尚無病無疾，圓寂前當晚，住在自己的茅棚中。至半夜時起床，發現房間內有二僧，為照顧虛老，他們自己偷偷溜到虛老茅棚裡。二人皆身體蜷縮睡在，虛老床頭和床尾。見虛老醒來，床頭僧起身，看著虛老和尚。虛老見此雲："你怎麼在這裡呀？"床尾僧此時也醒來，站了起來。虛老見此雲："你也在這裡？"
之後，虛老讓兩人回寮休息。兩人離開後，不忍離去與其他趕來的僧人，沙彌等，共有四五人或五六人，圍繞在虛老和尚茅棚的窗戶上，在縫隙中向裡面觀看。見虛雲老和尚，倒了一杯水喝下，在桌子上寫下了幾個字，之後臥床而眠。
次日，虛雲和尚圓寂！虛雲和尚最後寫下的內容大意是： 反對我的人，你們不要反對了，我馬上就要走了；捨不得我的人，不要捨不得了，我去去就來。
虛雲和尚的一生，大部分時間生活在中華民族苦難最深重的時期，也是中國佛教最低迷、僧團社會地位最低下的時期。在漫長的行腳參方過程中，虛雲和尚對當時僧團中的種種不如法現象，都有真切的瞭解，對中國佛教衰敗的原因和未來走向，也作過深刻的反思。他認為，僧團是佛教的核心。僧團素質的好壞直接關係到佛教的前途和命運。在《末法僧徒之衰相》一文中，虛雲和尚甚至嚴厲而痛切地警示天下衲子：俗有言，"秀才是孔子之罪人，和尚是佛之罪人"。初以為言之甚也，今觀末法現象，知亡六國者六國也，非秦也。族秦者秦也，非天下也。滅佛法者，僧徒也，非異教也。
虛雲和尚在《教習學生規約》中講： 自正眼不明，人心陷溺，有蔽於聲色貨利者，有惑于異學左道者，有誤於旁蹊曲徑者。舉世茫茫，賴有人焉，弘傳正法，使覺樹凋而複茂，慧日暗而再明。無如末劫，障深慧淺，德薄垢重，求其識因果、明罪福亦已難矣！況明心見性入聖超凡乎？所以剃染雖多，解悟者鮮，因乏明師啟迪；即有教者，不過學音聲法事以為應世之具，將我佛度世悲心，翻為粥飯工具，不亦深可慨乎！